Cơ sở kinh doanh chuyển từ khấu trừ sang trực tiếp: Thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết xử lý thế nào?

Câu hỏi bạn đọc:
Anh Quang (Phú Thọ) gửi câu hỏi đến Luật An Khang: “Doanh nghiệp tôi đang nộp thuế giá trị gia tăng (GTGT) theo phương pháp khấu trừ. Tuy nhiên từ quý sau sẽ chuyển sang nộp thuế theo phương pháp trực tiếp. Xin hỏi, số thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết thì xử lý thế nào để đúng quy định?”

Luật An Khang trả lời:

Đây là vấn đề nhiều doanh nghiệp quan tâm khi thay đổi phương pháp tính thuế GTGT. Để đảm bảo quyền lợi và tuân thủ pháp luật, anh Minh cần căn cứ Điều 23 Nghị định 181/2025/NĐ-CP về khấu trừ thuế giá trị gia tăng.

Nguyên tắc xử lý theo Nghị định 181/2025/NĐ-CP

Khoản 11 Điều 23 quy định rõ:

• Khi cơ sở kinh doanh chuyển từ phương pháp khấu trừ sang nộp thuế GTGT trực tiếp, số thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết tại kỳ tính thuế cuối cùng sẽ không còn được khấu trừ.
• Thay vào đó, doanh nghiệp được quyền:
  • Tính vào chi phí được trừ khi xác định thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN), hoặc
  • Tính vào nguyên giá của tài sản cố định theo quy định của pháp luật thuế TNDN.

Ngoại lệ cần lưu ý

Không phải toàn bộ thuế GTGT đầu vào đều được đưa vào chi phí hoặc nguyên giá. Pháp luật loại trừ trường hợp:

• Hóa đơn hàng hóa, dịch vụ mua vào có giá trị từ 05 triệu đồng trở lên
• Nhưng không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt (tức là chỉ thanh toán bằng tiền mặt).

Như vậy, để đảm bảo hợp lệ, doanh nghiệp cần kiểm tra kỹ chứng từ thanh toán trước khi đưa số thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết vào chi phí hoặc nguyên giá tài sản cố định.

Ý nghĩa của quy định

• Quy định này giúp doanh nghiệp vẫn có thể hạch toán hợp lý số thuế GTGT chưa khấu trừ, thay vì bị mất quyền lợi hoàn toàn.
• Đồng thời, việc chuyển đổi phương pháp tính thuế GTGT cũng trở nên minh bạch và gắn liền với chế độ thuế TNDN.

Ví dụ minh họa

Công ty A nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ đến hết quý II/2025. Trong quý này, công ty còn 20 triệu đồng thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết. Từ quý III/2025, công ty chuyển sang phương pháp trực tiếp.

• Nếu khoản thuế 20 triệu này phát sinh từ hóa đơn mua máy móc có giá trị trên 200 triệu đồng và đã thanh toán qua ngân hàng, thì công ty có thể tính số thuế này vào nguyên giá máy móc.
• Nếu là hóa đơn dịch vụ dưới 5 triệu hoặc trên 5 triệu nhưng chỉ thanh toán tiền mặt, thì phần thuế GTGT đó không được hạch toán vào chi phí.

Kết luận: Khi chuyển từ phương pháp khấu trừ sang trực tiếp, số thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết sẽ không được khấu trừ tiếp, mà được xử lý theo hai hướng: tính vào chi phí để xác định thuế TNDN hoặc tính vào nguyên giá tài sản cố định, trừ trường hợp hóa đơn trên 5 triệu không thanh toán qua ngân hàng.